Крцанисская Церковь Пресвятой Богородицы в среде тифлисских армян традиционно называлась также "Циранавор" и "Гегардаванк". Первое название является эпитетом, относящимся к Богоматери (Порфироносная), а второе, "Гегардаванк", связано с историей путешествия почитаемого "гегарда" (геларда - пики, копья) в Грузию, сделавшего здесь остановку. Деревня Крцаниси находилась в непосредственной близости от города, что немало способствовало её экономическому развитию. По сведениям С.Джалалянца, население Крцаниси переселилось из одноимённой деревни недалеко от города-крепости Самшвилде. Если это имело место, то, вероятно, относится ко второй половине XIII либо первой XIV в., поскольку в документе от 1392 г. упоминается принадлежащая мцхетскому католикосату деревня Крцаниси с "торговцами в городе". К тому времени, несомненно, в деревне было значительное количество армянского населения ; это утверждение основывается на факте существования в ней армянской церкви. В колофоне армянской рукописи от 1436 г. говорится : "Сия [книга] написана в лето армянское 885 (=1436), в стране Грузинской, в близлежащей к столице Тпхис (Тпхис=Тифлис=Тбилиси) деревне Крцанис, под сенью соборной [церкви] св. Богородицы...". Здесь названы католикосы Армении и Албании (Констандин и Матеос), архимандрит (предводитель армян Грузии) Иезекиэл и грузинский царь Александр (он же Александр I, или Великий). По словам писца, это были "трудные и горькие времена", когда прибыл "злой неверный Шахрух и стране причинил большие разрушения". Из сообщений Томы Мецопеци известно, что в предыдущие десятилетия XV в. вынужденно покидающее Араратскую область армянское население отправлялось "в сторону Грузии", ценой больших жертв добираясь во владения Бешкена Орбеляна, который к ним относился весьма благожелательно. Второй поток армян-переселенцев в Крцаниси может быть приурочен к этому времени. В цитированном выше колофоне рассказывается, что сам писец Иоаннэс, выходец из Гандзака, после возвращения из паломничества в Иерусалим отправился в родной город навестить своего брата и родных. Из Гандзака вместе с ним в Грузию отправилось "множество караванов" переселенцев, которые в Агстеве подверглись разорению "конницей джагатайцев". Жители крепости Гавазан - "христиане вышли навстречу и покрыли нашу наготу", и таким образом добрались они до места нового жительства, очевидно в Крцаниси, где Иоаннэс и приступил к копированию рукописи по оригиналу, полученному от протоиерея Тифлисской кафедральной церкви Богородицы (Большая крепостная церковь) инока Саргиса. В крцанисской церкви вместе с писцом находились "духовные его братья - однокашники инок Иорданан и священник Степанос Крцанеци". Следовательно, интересующая нас церковь в Крцаниси не была новооснованной, а факт присутствия трёх (точнее - четырёх) священнослужителей является доказательством немалочисленности поселившихся здесь армян.В XVI-XVII вв., население Крцаниси резко сократилось (собственно, немноголюдной стала даже сама столица страны), и церковь св.Богородицы превратилась в развалины. Она была вновь отстроена в 1778 г.В реестре армянских церквей г.Тифлиса и окрестностей под №33 названа церковь Богородицы в Крцаниси со следующим разъяснением :"Построена на средства населения города в лето армянское 1227 (=1778) и обновлена дочерью Амирана Сулоенца из Крцаниси Анной с увещания и на средства города".Справка, вероятно, взята из существующих на стенах сооружения надписей, которые не дошли до нас. Единственная известная нам надпись из армянской церкви Крцаниси высечена на боковой грани крещальни. В средней части грани рельефно изображена сцена крещения, а по бокам помещена следующая надпись (перевод) : "Эта крещальня - память Григорию Мамулянцу в Гегардаванке Циранавора. 1861 год".