История храма такова:
Во время царствования Вахтанга Горгасала мученический венец приняла святая Шушаник (Шушан - по арм. лилия ), царица Ранская, дочь знаменитого армянского полководца Вардана. Ее муж - Питиахш Варскен - предав Христа, принял маздеизм и пообещал привести в огнепоклонничество семью и весь свой народ. Святая Шушаник отреклась от мужа и провела в заточении и пытках 7 лет. Народ приходил к стенам ее темницы, как к святому месту и, прося ее молитв, получал исцеления. Тело святой Шушаник было перенесено в Тбилиси, в Метехский храм Пресвятой Богородицы, первый храм этого города. За долгие века храм множество раз закрывали, превращали в конюшни, оскверняли; но и тогда истинно верующие, припадая к его святым стенам получали по молитвам своим. Сегодня Метехи - святое место Тбилиси, место, откуда, как река из малого родника, родился и разросся чудесный город.